关于hic的23事

阅读数: 次 2020-08-03

写在这篇文章之前，笔者本人最近开始接触hic这一方面的流程，以此文作为一个记录(juicer+3ddna)
hic的作用是将你获得的contig级别的数据提升到染色体水平

juicer+3ddna

1.软件安装

在软件安装之前，你首先需要在工作设备拥有一下环境
Java >= 1.7
GNU Awk >= 4.02
GNU coreutils sort > 8.11
Python >= 2.7
scipy, numpy, matplotlib
GNU Parallel >=20150322 (不必要，但是强力推荐)
bwa

除了bwa之外，其他依赖在一个成熟的工作站上，基本都是不用操心的
接下来我们需要安装juicer开始我们的工作了

juicer的安装

$ mkdir juicer && cd juicer
$ git clone https://github.com/theaidenlab/juicer.git
$ ln -s ./CPU scripts
$ cd scripts/common
$ wget https://hicfiles.tc4ga.com/public/juicer/juicer_tools.1.9.9_jcuda.0.8.jar
$ ln -s juicer_tools.1.9.9_jcuda.0.8.jar  juicer_tools.jar

记得对要执行的文件赋予755权限

3ddna的安装

1 2	$ mkdir 3ddna && cd 3ddna $ git clone https://github.com/theaidenlab/3d-dna.git

这个就稍显简单很多

2,分析开搞

1.准备数据

在juicer的目录下面建立两个文件夹
1). refrence：存放你contig水平的基因组文件，记得检查N50哦；
2). fastq ：存放你的hic双端测序结果R1.fq.gz和R2.fq.gz

2.为基因组建立索引

1	$ bwa index genome.fa

3.根据基因组构建创建可能的酶切位点文件

1	$ python /data1/spider/ytbiosoft/soft/juicer/misc/generate_site_positions.py DpnII genome genome.fa

4.运行juicer

1 2	$ ./juicer.sh -g idesia_split_2m -s HindIII -z ./refrence/genome.fa -p assembly -y ./juicer/restriction_sites/DpnII.txt -D ./juicer -d ./output -t 60 -S early

5.运行3d-dna
记得将reference文件夹和aligned文件夹软连接到你的3d-dna的工作目录

1	./run-asm-pipeline.sh -r 2 reference/genome.fa aligned/merged_nodups.txt &> 3d.log &

最后输出文件中，包含FINAL就是我们需要的结果。

最后使用juicerbox进行手工纠错，在使用3d-dna重新生成基因组文件